Server : Apache System : Linux webd348.cluster026.gra.hosting.ovh.net 5.15.148-ovh-vps-grsec-zfs-classid #1 SMP Thu Feb 8 09:41:04 UTC 2024 x86_64 User : hednacluml ( 122243) PHP Version : 8.3.9 Disable Function : _dyuweyrj4,_dyuweyrj4r,dl Directory : /home/hednacluml/encyclo/articles/b/i/o/ |
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<title>Discuter:Bio-informatique - Wikipédia</title>
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<div id="content">
<a name="top" id="contentTop"></a>
<h1 class="firstHeading">Discuter:Bio-informatique</h1>
<div id="bodyContent">
<h3 id="siteSub">Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.</h3>
<div id="contentSub"></div>
<!-- start content -->
<table class="messagebox standard-talk plainlinks" style="font-size:90%; text-align: left;">
<tr>
<td>
<div class="center">
<div class="floatnone"><span><a href="../../../../articles/c/o/m/Image%7EComputer-aj_aj_ashton_01.svg_cbb2.html" class="image" title="WikiProjet Informatique"><img alt="WikiProjet Informatique" src="../../../../images/shared/thumb/c/c1/Computer-aj_aj_ashton_01.svg/70px-Computer-aj_aj_ashton_01.svg.png" width="70" height="45" border="0" /></a></span></div>
</div>
</td>
<td><b>Bio-informatique</b> fait partie du <b><a href="../../../../articles/i/n/f/Projet%7EInformatique_1826.html" title="Projet:Informatique">projet Informatique</a></b>, qui a pour but d'enrichir le contenu de Wikipédia sur les sujets liés à l'<a href="../../../../articles/i/n/f/Informatique.html" title="Informatique">informatique</a>. Si vous voulez participer, vous pouvez <a href="http://fr.wikipedia.org../../../../articles/b/i/o/Discuter%7EBio-informatique_331b.html" class="external text" title="http://fr.wikipedia.org../../../../articles/b/i/o/Discuter%7EBio-informatique_331b.html" rel="nofollow">modifier cet article</a> ou visiter la <a href="../../../../articles/i/n/f/Projet%7EInformatique_1826.html" title="Projet:Informatique">page du projet</a> où vous pourrez vous joindre au projet et consulter la liste des tâches et des objectifs. Le <b><a href="../../../../articles/i/n/f/Portail%7EInformatique_2d39.html" title="Portail:Informatique">portail informatique</a></b> pourrait aussi vous intéresser.</td>
</tr>
<tr>
<td style="background: #ffaa66; text-align: center;"><b>Bon début</b></td>
<td>Cet article a été classé comme d'<b>Avancement BD</b> selon le <b><a href="../../../../articles/i/n/f/Projet%7EInformatique_%C3%89valuation_fdea.html#Avancement" title="Projet:Informatique/Évaluation">Tableau d'évaluation</a></b> du projet. (<a href="../../../../articles/i/n/f/Projet%7EInformatique_%C3%89valuation_Statistiques_d%C3%A9taill%C3%A9es_3f6a.html" title="Projet:Informatique/Évaluation/Statistiques détaillées">Voir les statistiques</a>)</td>
</tr>
<tr>
<td style="background: #ffccff; text-align: center;"><b>Moyenne</b></td>
<td>Cet article a été classé comme d'<b>Importance moyenne</b> selon le <b><a href="../../../../articles/i/n/f/Projet%7EInformatique_%C3%89valuation_fdea.html#Importance" title="Projet:Informatique/Évaluation">Tableau d'évaluation</a></b> du projet. (<a href="../../../../articles/i/n/f/Projet%7EInformatique_%C3%89valuation_Comit%C3%A9_9c79.html" title="Projet:Informatique/Évaluation/Comité">Contester?</a>)</td>
</tr>
</table>
<p>Peut-être qu'une page Bioinformatique:Outils serait la bienvenue, pour ceux qui ont des références, des URLs, non ? <a href="../../../../articles/r/4/f/Utilisateur%7ER4f_a980.html" title="Utilisateur:R4f">Raph</a> 13:53 jan 19, 2003 (CET)</p>
<p><br /></p>
<table id="toc" class="toc" summary="Sommaire">
<tr>
<td>
<div id="toctitle">
<h2>Sommaire</h2>
</div>
<ul>
<li class="toclevel-1"><a href="#Qu.27est-ce_qui_est_de_la_bioinformatique.2C_qu.27est-ce_qui_n.27en_n.27est_pas"><span class="tocnumber">1</span> <span class="toctext">Qu'est-ce qui est de la bioinformatique, qu'est-ce qui n'en n'est pas</span></a></li>
<li class="toclevel-1"><a href="#quid_de_l.27iup_de_poitiers_.3F"><span class="tocnumber">2</span> <span class="toctext">quid de l'iup de poitiers ?</span></a></li>
<li class="toclevel-1"><a href="#D.C3.A9finition_de_l.27homologie"><span class="tocnumber">3</span> <span class="toctext">Définition de l'homologie</span></a></li>
<li class="toclevel-1"><a href="#Liens_externes"><span class="tocnumber">4</span> <span class="toctext">Liens externes</span></a></li>
<li class="toclevel-1"><a href="#De_la_d.C3.A9finition_du_mot_.22bioinformatique.22_..."><span class="tocnumber">5</span> <span class="toctext">De la définition du mot "bioinformatique" ...</span></a></li>
<li class="toclevel-1"><a href="#Structure_de_l.27article_et_d.C3.A9finition_du_champ"><span class="tocnumber">6</span> <span class="toctext">Structure de l'article et définition du champ</span></a></li>
<li class="toclevel-1"><a href="#Renommage_en_Bioinformatique"><span class="tocnumber">7</span> <span class="toctext">Renommage en Bioinformatique</span></a></li>
</ul>
</td>
</tr>
</table>
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//<![CDATA[
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</script>
<p><a name="Qu.27est-ce_qui_est_de_la_bioinformatique.2C_qu.27est-ce_qui_n.27en_n.27est_pas" id="Qu.27est-ce_qui_est_de_la_bioinformatique.2C_qu.27est-ce_qui_n.27en_n.27est_pas"></a></p>
<h2><span class="editsection">[<a href="../../../../articles/b/i/o/Discuter%7EBio-informatique_331b.html" title="Modifier la section : Qu'est-ce qui est de la bioinformatique, qu'est-ce qui n'en n'est pas">modifier</a>]</span> <span class="mw-headline">Qu'est-ce qui est de la bioinformatique, qu'est-ce qui n'en n'est pas</span></h2>
<p>J'ai noté que l'article parlait de la modélisation moléculaire et de la dynamique moléculaire comme composantes de la bioinforamtique. Personnellement, je trouve ça bizarre. Ces 2 disciplines (modélisation dynamique moléculaires) seraient plutôt de la biophysique et de la modélisation (au sens large). Il s'agit pas tellement d'un traitement de l'information biologique mais plutôt de la construction de modèles prospectifs. A moins que l'on ne cherche à déterminer la structure à partir de la séquence. Dans ce cas, ça me parait effectivement plus proche de la bioinformatique</p>
<p>--</p>
<p>83.159.12.197 10 décembre 2005 à 02:04 (CET)</p>
<dl>
<dd>J'ai effacé la phrase sur la dynamique moléculaire dans la partie <i>modélisation moléculaire</i>. Je pense qu'effectivment, il ne s'agit pas de bioinformatique. J'ai également rajouté la seonde adresse web du Pôle BioInformatique Lyonnais qui est un regroupement de principalement 2 labos (Université Lyon 1 et CNRS).</dd>
</dl>
<p><a href="../../../../articles/f/o/o/Utilisateur%7EFoobar_303c.html" title="Utilisateur:Foobar">Foobar</a> 10 mai 2006 à 15:57 (CEST)</p>
<hr />
<p>J'ai délacé la note <i>(NOTE: L'orthographe bioinformatique, sans trait d'union, est erronée et est calquée de l'anglais bioinformatics.)</i> à la fin de l'article. Ca ne me paraît pas vraiment important. D'une part, une recherche dans google donne 16,300 résultats pour bio-informatique, et 38,000 pour bioinformatique. D'autre part, des sites très sérieux proposent l'orthographe "anglicisée" <a href="http://www.fil.univ-lille1.fr/FORMATIONS/DESSBIOINFO/" class="external free" title="http://www.fil.univ-lille1.fr/FORMATIONS/DESSBIOINFO/" rel="nofollow">http://www.fil.univ-lille1.fr/FORMATIONS/DESSBIOINFO/</a> , etc. Après tout, c'est à ceux qui utilisent le mot d'en imposer l'usage... <a href="../../../../articles/a/r/n/Utilisateur%7EArnaudus_4057.html" title="Utilisateur:Arnaudus">Arnaudus</a> 4 mai 2004 à 20:10 (CEST)</p>
<hr />
<p>En fait, en français le <i>o</i> et le <i>i</i> ne peuvent se côtoyer dans une liaison préfixe-suffixe, sinon le son <i>oi</i> sera formé; ainsi, <i>bioinformatique</i> devrait se prononcer « bi-oin-formatique ». Cette règle n'existe pas pour d'autres liaisons; ainsi on écrira <i>biopuce</i> et <i>bioéthique</i>, mais <i>micro-informatique</i> et <i>mono-insaturation</i>.</p>
<p>Voir <a href="http://grammaire.softissimo.com/index_alpha/Fiches/Fiche254.htm" class="external free" title="http://grammaire.softissimo.com/index_alpha/Fiches/Fiche254.htm" rel="nofollow">http://grammaire.softissimo.com/index_alpha/Fiches/Fiche254.htm</a> et autres grammaires pour plus de détails.</p>
<p><a href="../../../../articles/s/h/r/Utilisateur%7EShrodi_d003.html" title="Utilisateur:Shrodi">Shrodi</a> 4 mai 2004 à 20:31 (CEST)</p>
<dl>
<dd>C'est logique, sauf que là, ce n'est pas "oin", mais "ioin", qui ne laisse pas vraiment d'ambigüité; il faudrait être vraiment tordu pour ne pas faire la diphtongue "i-o" pour privilégier "oin", non? microinformatique se lit bien "mi-croin", mais bioinformatique ne m'a jamais posé de problème, personnellement... Enfin j'ai pigé l'argument, ça se tient. <a href="../../../../articles/a/r/n/Utilisateur%7EArnaudus_4057.html" title="Utilisateur:Arnaudus">Arnaudus</a> 4 mai 2004 à 22:29 (CEST)</dd>
</dl>
<p><a name="quid_de_l.27iup_de_poitiers_.3F" id="quid_de_l.27iup_de_poitiers_.3F"></a></p>
<h2><span class="editsection">[<a href="../../../../articles/b/i/o/Discuter%7EBio-informatique_331b.html" title="Modifier la section : quid de l'iup de poitiers ?">modifier</a>]</span> <span class="mw-headline">quid de l'iup de poitiers ?</span></h2>
<p>je suis a la recherche d'une formatien menant a ce diplome de bioinformaticien et je suis tres intéressé par l'iup de poitiers option biologie et informatique ... cependant il n'est pas cite dans les sources ... oubli ou pas ?</p>
<p><a name="D.C3.A9finition_de_l.27homologie" id="D.C3.A9finition_de_l.27homologie"></a></p>
<h2><span class="editsection">[<a href="../../../../articles/b/i/o/Discuter%7EBio-informatique_331b.html" title="Modifier la section : Définition de l'homologie">modifier</a>]</span> <span class="mw-headline">Définition de l'homologie</span></h2>
<p>La phrase suivante :</p>
<p><i>En supposant que les séquences de gènes homologues trouvées chez deux espèces proviennent d'un même gène ancestral présent chez la dernière espèce ancêtre commune à ces deux espèces, on peut quantifier la distance génétique entre ces deux espèces. Cette distance génétique est représentée par le nombre de mutations qui séparent les gènes de ces deux espèces, du gène ancestral.</i></p>
<p>me parait incorrecte. En effet, des séquences de "gènes homologues" sont des séquences qui ont un ancêtre commun. La proposition "en supposant que les séquences de gènes homologues [...] proviennent d'un même gène ancestral" semble erronée (ce n'est pas une supposition, c'est une définition). Pour autant, je suis plus informaticien que biologiste :)</p>
<p>--<a href="../../../../articles/m/a/n/Utilisateur%7EManproc_6d21.html" title="Utilisateur:Manproc">Manproc</a> 19 juin 2006 à 12:33 (CEST)</p>
<dl>
<dd>Je suis tout a fait d'accord. Plus généralement, il ne faut pas confondre <i>homologie</i> et <i>similarité</i>. Deux séquences similaires ne sont pas forcément homologues, c-à-d qu'elles ne proviennent pas forcément d'un ancêtre commun. -- <a href="../../../../articles/f/o/o/Utilisateur%7EFoobar_303c.html" title="Utilisateur:Foobar">Foobar</a> 20 juin 2006 à 21:47 (CEST)</dd>
</dl>
<p>J'ai rajouté quelques précisions concernant paralogie et orthologie mais il y a le troisième cas de figure dont le nom m'échappe. Quelqu'un s'en souvient?</p>
<p><a name="Liens_externes" id="Liens_externes"></a></p>
<h2><span class="editsection">[<a href="../../../../articles/b/i/o/Discuter%7EBio-informatique_331b.html" title="Modifier la section : Liens externes">modifier</a>]</span> <span class="mw-headline">Liens externes</span></h2>
<p>Bonjours, je viens de relire l'article Bio-informatique et je constate une nette dérive des liens externes: il y en a plus que de mot dans l'article quasiment!. Idéalement, les liens externes ne devrait contenir que ce qui à réellement servi à rédiger l'article et non pas être une simple liste de lien comme dans DMOZ. Bref, un lien externe n'est pas là pour servir de jolie image d'illustration. <b>Je propose donc de supprimer purement et simplement tout les liens externes</b> à l'exception peut être d'un lien vers le NCBI et/ou l'EMBL qui sont les 2 grosses références mondiales en matière de ressources en bio-informatique. Si l'on doit mettre chaque Master, chaque labo, chaque chercheur qui fait un peu de bio-info, l'article perdra toute pertinence. Avant de me répondre, n'oubliez pas de lire la page d'aide consacrée <a href="../../../../articles/l/i/e/Wikip%C3%A9dia%7ELiens_externes_3dc8.html" title="Wikipédia:Liens externes">aux liens externes</a> -- <a href="../../../../articles/f/o/o/Utilisateur%7EFoobar_303c.html" title="Utilisateur:Foobar">Foobar</a> 24 septembre 2006 à 00:41 (CEST)</p>
<dl>
<dd>Voila, j'ai fait un petit (gros) nettoyage. N'ayant pas recu de commentaires suite a ma proposition, j'ai essaye de couper la poire en deux en ne gardant que les liens liens me semblant les plus representatifs (notamment ceux cites dans l'article). Je pense que l'on peut encore en enlever. -- <a href="../../../../articles/f/o/o/Utilisateur%7EFoobar_303c.html" title="Utilisateur:Foobar">Foobar</a> 4 octobre 2006 à 18:26 (CEST)</dd>
</dl>
<p><a name="De_la_d.C3.A9finition_du_mot_.22bioinformatique.22_..." id="De_la_d.C3.A9finition_du_mot_.22bioinformatique.22_..."></a></p>
<h2><span class="editsection">[<a href="../../../../articles/b/i/o/Discuter%7EBio-informatique_331b.html" title="Modifier la section : De la définition du mot "bioinformatique" ...">modifier</a>]</span> <span class="mw-headline">De la définition du mot "bioinformatique" ...</span></h2>
<p>Il est erroné de prétendre que la bioinformatique se limite à je cite "... toutes les applications informatiques appliquées à la biologie.". Une définition plus acceptable a été donné par Jean-Michel Claverie, chercheur reconnu du domaine : "La bioinformatique est constituée par l'ensemble des concepts et des techniques nécessaires à l'interprétation de l'information génétique (séquences) et structurale (repliement 3-D). C'est le décryptage de la " bio-information (" Computational Biology" en anglais). La bioinformatique est donc une branche théorique de la Biologie." (<a href="http://igs-server.cnrs-mrs.fr/jcnrs.htm" class="external free" title="http://igs-server.cnrs-mrs.fr/jcnrs.htm" rel="nofollow">http://igs-server.cnrs-mrs.fr/jcnrs.htm</a>).</p>
<dl>
<dd>L'information est intéressante. Je l'intègre, si ça plaît pas on retirera. <a href="../../../../articles/m/a/n/Utilisateur%7EManproc_6d21.html" title="Utilisateur:Manproc">Emmanuel</a> <b><a href="../../../../articles/m/a/n/Utilisateur%7EManproc_6d21.html" title="Utilisateur:Manproc">« Manproc »</a></b> <font size="-2">(<b><a href="../../../../articles/m/a/n/Discussion_Utilisateur%7EManproc_fe93.html" title="Discussion Utilisateur:Manproc">msg</a></b>)</font> 13 octobre 2006 à 10:12 (CEST)</dd>
</dl>
<dl>
<dd>Je viens de voir la modification sur de la définition de la bio-informatique. Je crois que le terme discutable dans la définition précédente était le terme « application ». Le terme « informatique » est plutôt a prendre dans le sens théorique du terme plutôt que dans le sens ordinateur. Je propose donc l'intro suivante à la place:</dd>
<dd><i>La bio-informatique est une discipline a la frontière de la <a href="../../../../articles/b/i/o/Biologie.html" title="Biologie">biologie</a> et de l'<a href="../../../../articles/i/n/f/Informatiques.html" class="mw-redirect" title="Informatiques">informatiques</a> qui tente d'expliquer comment s'organise l'information au niveau moléculaire dans le <a href="../../../../articles/g/%C3%A9/n/G%C3%A9nome.html" title="Génome">génome</a> et le <a href="../../../../articles/p/r/o/Prot%C3%A9ome.html" title="Protéome">protéome</a> et comment cette information évolue au cours du temps (<a href="../../../../articles/p/h/y/Phylog%C3%A9nie.html" title="Phylogénie">phylogénie</a>).</i></dd>
<dd>D'autre part, la biologie calculatoire (« Computational Biology » ou « biocomputing ») n'est pas tout à fait équivalent à bio-informatique (« bioinformatics »). Cela signifie que l'on utilise des modèles de représentation mathématique afin de modéliser un phénomène biologique. Par exemple, la <a href="../../../../articles/d/y/n/Dynamique_mol%C3%A9culaire.html" title="Dynamique moléculaire">dynamique moléculaire</a> peut être de la biologie calculatoire (si elle s'interesse à une protéine) mais ça n'est pas pour autant de la bio-informatique (historiquement, la discipline est rattachée à la chimie théorique). Il est toujours possible ensuite de citer le Pr. Calverie. -- <a href="../../../../articles/f/o/o/Utilisateur%7EFoobar_303c.html" title="Utilisateur:Foobar">Foobar</a> 14 octobre 2006 à 06:52 (CEST)</dd>
</dl>
<p><a name="Structure_de_l.27article_et_d.C3.A9finition_du_champ" id="Structure_de_l.27article_et_d.C3.A9finition_du_champ"></a></p>
<h2><span class="editsection">[<a href="../../../../articles/b/i/o/Discuter%7EBio-informatique_331b.html" title="Modifier la section : Structure de l'article et définition du champ">modifier</a>]</span> <span class="mw-headline">Structure de l'article et définition du champ</span></h2>
<p>La Bio-informatique, que je pratique depuis ses débuts il y a 25 ans, est une discipline en évolution rapide et je trouve à la fois que la structure de cet article ne reflète pas l'état actuel de ce champ et est trop restrictive par certains aspects. Aujourd'hui la bio-informatique comporte trois sous-disciplines :</p>
<ul>
<li>La <b>bio-informatique des séquences</b>, qui traite de la manipulation des séquences biologiques (ADN et protéine) : comparaison alignement, assemblage, évolution...</li>
<li>La <b>bio-informatique des structures</b>, qui traite de l'analyse des structures (analyse et prédiction de repliement, <i>docking</i>...).</li>
<li>La <b>bio-informatique des réseaux</b>, qui traite de l'analyse des réseaux métaboliques, des réseaux génétiques, des réseaux d'interactions moléculaires, cellulaires. C'est une discipline émergente et active, poussée par la nécessité d'interpréter de manière globale les résultats des approches "-omiques" (génomique, transcriptomique, protéomique...). Ce dernier champ est peu ou pas traité dans l'article et c'est l'un des plus actifs à l'heure actuelle.</li>
</ul>
<p>Ces différents champs ne sont pas si cloisonnés qu'il peut apparaître au premier abord. Pour la prédiction de structures de protéines, les méthodes les plus avancées utilisent de manière courante outils de la bio-informatique des séquences (alignements multiples, analyse des substitutions d'acides aminés). Pour annoter les génomes, on utilise désormais une combinaison des trois approches : l'analyse des séquences pour découvrir des parentés évolutives, l'analyse structurale pour essayer de prédire des fonctions à des gènes inconnus, l'analyse des réseaux pour comprendre l'intégration de tel gène dans tel boucle métabolique (profil caractéristique d'expression tissulaire, réponse coordonnée à tel type de stimulus ou de stress).</p>
<p>La dynamique moléculaire est aussi un outil qui, à mon sens, fait partie intégrante de la panoplie du bio-informaticien. Elle est absolument nécessaire pour un certain nombre d'approche structurales <i>in silico</i> : affinement de prédictions structurales à partir des séquences, criblage virtuel de ligands... C'est certes une technique issue initialement de la chimie théorique, mais que se sont appropriée les bio-informaticiens, comme ils se sont approprié la programmation dynamique ou les chaînes de Markov, issues de l'informatique ou des maths appliquées.</p>
<p>Je propose donc que l'on restructure cet article suivant le plan en trois parties énoncé ci-dessus.</p>
<p>--<a href="../../../../articles/f/d/a/Utilisateur%7EFdardel_9530.html" title="Utilisateur:Fdardel">Fdardel</a> 23 septembre 2007 à 11:01 (CEST) Professeur de Biologie Moléculaire et de Bio-informatique à l'Université Paris-Descartes</p>
<p><a name="Renommage_en_Bioinformatique" id="Renommage_en_Bioinformatique"></a></p>
<h2><span class="editsection">[<a href="../../../../articles/b/i/o/Discuter%7EBio-informatique_331b.html" title="Modifier la section : Renommage en Bioinformatique">modifier</a>]</span> <span class="mw-headline">Renommage en <a href="../../../../articles/b/i/o/Bioinformatique.html" class="mw-redirect" title="Bioinformatique">Bioinformatique</a></span></h2>
<p>Bonjour, D'après la réforme de 1990 bio-informatique devrait s'écrire bioinformatique! <a href="http://www.renouvo.org/regles.php" class="external free" title="http://www.renouvo.org/regles.php" rel="nofollow">http://www.renouvo.org/regles.php</a> --<a href="../../../../articles/n/e/m/Utilisateur%7ENeMeSiS_cd43.html" title="Utilisateur:NeMeSiS">N€M€SiS</a> 12 avril 2008 à 17:00 (CEST)</p>
<dl>
<dd>Oui, mais ce n'est pas obligatoire. Il suffit de voir <a href="http://www.sfbi.fr/" class="external free" title="http://www.sfbi.fr/" rel="nofollow">http://www.sfbi.fr/</a> pour voir que les 2 orthographes sont toutes deux utilisées :). En l'occurrence, je trouve la forme avec trait d'union plus lisible. - <a href="../../../../articles/d/a/r/Utilisateur%7EDarkdadaah_27c1.html" title="Utilisateur:Darkdadaah">Dakdada</a> <a href="../../../../articles/d/a/r/Discussion_Utilisateur%7EDarkdadaah_7075.html" title="Discussion Utilisateur:Darkdadaah"><small>(discuter)</small></a> 13 avril 2008 à 22:11 (CEST)</dd>
</dl>
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